Сегодня ключевым приоритетом государственной политики является защита российской экономики от внешних угроз, направленных на снижение темпов экономического роста и научно–технического развития в стране. В этих условиях первоочерёдной задачей, стоящей перед государством, является преодоление зависимости от импортных поставок критически важных товаров, комплектующих, сырья. Для оперативного решения этой задачи требуется активизация инновационных деятельности в области импортозамещения, которая, в свою очередь, может быть достигнута за счет формирования благоприятных условий для реализации инновационных проектов по созданию высокотехнологичной продукции, способной заместить зарубежные аналоги. Предметом исследования являются инструменты поддержки инновационного развития в стране в целях обеспечения экономической безопасности. Результаты заключаются в разработке модели системы государственной поддержки инновационной деятельности для обеспечения экономического и технологического суверенитета, которая отличается использованием механизма государственно–частного партнерства для успешной реализации программ в области импортозамещения критически важных товаров, комплектующих и сырья. Для реагирования на риски, которые могут возникать в ходе исполнения таких программ, был предложен набор инструментов, представляющих собой комплекс мер государственных поддержки, реализующих различные варианты обработки проектных рисков (принятия, уклонения, передачи и распределения).